王凝身死，石城令人戰下首級，用長桿挑著，令費濤率五千騎兵攜帶王凝首級乘勝追殺孫琛。而孫琛領著敗軍馬不停蹄趕到河西堡，何魁率眾緊閉城門。孫琛在城下叫罵，何魁道：「孫琛，吾乃天漢忠臣，豈能為汝效力？還不下馬受降。」孫琛佯裝可憐：「我待先生不薄，先生何忍？」「私情而言，魁感激不盡，然足下叛國大盜，放你出走，於國有害！」這時，後軍士卒報信：漢軍已經追殺而來！孫琛翻臉下令：「全軍隨我破城！」

叛軍為了順利逃命，攻城極為猛烈，何魁本就是文士，手下又都是老弱病殘，無法阻攔孫琛。叛軍很快打破城門，但因為後方有漢軍追趕，孫琛也顧不得何魁，率領部隊直奔城門，再次奪門而出。費濤率兵隨後進城與何魁見面，何魁隨即告知戰況，費濤繼續讓何魁守城，自己再次追擊。

等到石城主力重新進駐河西堡，天色已晚。何魁迎接，石城笑道：「此番雖未阻攔孫琛，然殲滅其臂膀，亦是大功一件。」何魁笑道：「殘疾之人，能為將軍、國家效力，雖死無恨！」石城點點頭：「目前孫琛兵無戰心，又少了王凝，必然亂了心神，藉此良機不容錯失。」於是又讓趙歇繼續率兵追擊接應費濤，務必一舉渡過遼河。

孫琛一路敗走，得知安在緒前來接應，這才稍微停住腳步，這個功夫才知曉王凝已死，孫琛一時心慌，跌下馬來，諸將立馬扶起，安在緒勸道：「將軍不可自亂，已不可痛悲，此乃王將軍之命數，還望將軍收拾戰心，再戰石城。」這時後方傳報漢軍逼近，孫琛隻得吩咐安在緒：「我軍新敗，不能力戰，你所部人馬當速速殿後，整頓後撤，其餘軍士立即渡河。」

安在緒奉命，率領所部人馬前往抵擋漢軍，想要拖延時間。結果兩軍一交鋒，戰不三合，費濤一刀劈傷安在緒，安在緒跌下馬來，被漢軍擒獲，其餘叛軍見主將被擒，登時大亂，或自行逃命，或繳械投降，或負隅頑抗，總之不到一個時辰，安在緒所部全軍潰敗。費濤正要繼續追擊，手下左領黃充勸阻道：「我軍至清晨到夜間，已經連續激戰一日，叛軍潰逃百裡，我軍也是強弩之末，若繼續追擊，恐有不測，何不·就地歇息，明日再行進攻。」

費濤想了想，否決道：「戰機難尋，就在辛苦辛苦諸位將士，目前距河西大營還有十幾裡，我軍到達大營後再歇。」「可是此戰我們還投降抓獲俘虜不少叛軍，如何處置？」「多少人？」「約四五百人。」「此戰我軍殺敵多少？」「不清楚，估計千餘。」「那好，就地消滅，算作殲敵數。」「這……」黃充有點遲疑，費濤厲聲道：「動作迅速，非常之時非常處置！」於是漢兵瞬間將俘虜的叛軍全部殺光，費濤看著安在緒的屍首：「此人衣甲與他人不同，或是叛軍大將，將其首級一同挑高，隨我出征。」黃充聽令，漢軍立即啟程追趕。

孫琛渡河的隊伍開始也有些秩序，結果不少安在緒手下士兵逃回，軍中開始鼓噪。孫琛不得不先行一步，等到漢軍殺到時，孫琛渡河全軍才渡走一半，孫琛還立在對岸指揮軍士秩序。這時漢軍已經殺到，費濤看到還有大量叛軍還未渡河，令人叫喊著，率先沖向叛軍。叛軍紛紛搶船，隊形再次混亂，不少人緊急之下投河要遊過對岸。孫琛在對岸看著心急如焚，可是又無能為力。於是渡河兵士都在勸孫琛趕緊返回遼陽，孫琛淚如雨下，於是拋棄西岸士卒，率兵而走。

費濤領著漢軍廝殺一會，見對岸兵馬遠去，於是對叛軍喝到：「你等已經被拋棄，何不立即歸降？」叛軍這才逐漸放下兵器，選擇投降，這一戰，不僅俘獲降兵三千餘人，還獲得船隻二十條。費濤這才指揮兵士看守降兵，等待大軍主力東渡。

孫琛一路逃往遼陽，一路淒涼，不過數日，當初三萬大軍西渡遼河，以為一戰而穩定遼東，結果現在倉惶逃亡，東歸士兵不過四五千人，況且視為左膀右臂的王凝也死了，豈不天要亡我？不過孫琛還是有一絲心存僥倖，認為錦州之戰，是漢軍反擊之戰，依舊幻想漢軍糧盡而退，不過自己也無法橫掃北方了。

只不過他沒想到，遼東已經陷入混亂，敗亡之日不遠。

在五月初七夜間，楊斛、夏侯祜所領船隊抵達蓋州，當夜就向蓋州發起突襲，由於蓋州守備空虛，不一陣漢軍便佔據蓋州。次日清晨，安撫百姓，號召共抗孫琛，剿滅叛賊。蓋州降將徐允道：「孫琛暴虐，手握重兵，不從者皆已死，然如小將苟且者亦是多數，將軍只要發佈討賊檄文，不過數日，各縣必反正歸國，孫琛窮途，必然受戮。」楊斛笑道：「你所言正合我意。」

於是令文書立即寫下檄文，又謄抄數十份向各地派遣士兵，發放檄文。兩日內，復邑、金邑、海邑派遣使者告知楊斛，宣佈反正。至此遼南擺脫孫琛控制，在遼陽的孫宇連忙關閉主要城鎮之間的正常流動，宣佈戒嚴。

在孫琛東渡遼河之日，張為國、董成旭再次起事，聚攏兵馬七千五百人，佔據太子堡，整個太子河一線盡在義軍手中，並且派遣士卒逼近遼陽。由於威脅到遼陽，孫宇只能率兵進攻義軍。孫宇也只有三千餘人，但都是經過訓練的可戰之兵，義軍雖眾，都是民戶出身，大部分剛上戰場，於是一戰潰敗。孫宇一鼓作氣就包圍了太子堡。這時傳來父親兵敗返回遼陽的消息，孫宇不得已只能返回遼陽。

張為國等商議，認為目前義軍戰力較弱，孫宇之兵尚且不能得勝，何況孫琛已經回到遼陽，不能坐以待斃。於是一面派遣精幹人員先行前往遼南向漢軍稟告情況，一面放棄太子堡，整頓兵馬南下搶關奪寨，要和漢軍會師。而孫琛要全力對戰即將渡河的漢軍，不想將剩餘兵力浪費在義軍。於是收縮兵力，備戰漢軍。

由於遼南漢軍的檄文攻勢，加上義軍這一鬧，孫琛又收縮兵力於遼陽，結果各地民變四起，當初孫琛肆意擄掠百姓來到遼東，希望增加遼東人口軍力，可是敗的太快，自己的幻想將吞噬自己。

五月十一，石城率領主力漢軍兩萬五千人東渡遼河，一路順暢無阻，並在次日召開誓師大會，鼓勵全體將士一鼓作氣一舉消滅叛軍。五月十三日，大軍順利抵達遼陽，石城沒有發動進攻，而是將遼陽圍困起來，召集各路人馬共同前往遼陽會師。同時，張為國等已經和北上的楊斛會師，一同接受漢軍指揮。五月十四日夜，楊斛、夏侯祜、張為國、董成旭率軍抵達遼陽，共計兵馬一萬人，奉命再次攻陷太子堡等地，警戒四周，準備阻擊可能前來支援的叛軍殘餘力量。

漢軍不慌不忙，每日三次派人向城內喊話投降，兩天下來，孫琛被激怒開始射殺使者，漢軍又謄抄勸降書，令士兵每日向城內射上幾輪箭。如此幾日下來，搞得遼陽城內人心惶惶。漢軍信中又多次提及除了孫琛，其餘不但一律免罪，若能生擒孫琛者，賞萬錢，封爵賜田，限孫琛首級者，賞五千錢，賜田。孫琛軍中議論紛紛，孫琛極度緊張，下令凡是看過、聽過信件內容的人員全部誅殺，並且獎勵告密者。結果諸將士卒相互誣告，甚至累及百姓。漢軍還未動手，叛軍就在內亂中消耗了數百人，還擾亂了軍心，士氣低迷。

五月十九日，漢軍再次向遼陽喊話，聲稱遼北諸城已經反正歸漢，整個遼東只有遼陽孤城一座，漢軍即將發起進攻，需要反正的軍民做好準備，孫琛這才完全從幻想中清醒過來，漢軍後路根本沒有斷！

次日清晨，石城率兵親臨城下，發佈攻城將令。漢軍不分彼此，凡遼陽四門皆出全力進攻。此時的叛軍早已經沒有多少士氣，除了孫琛、孫宇親自防守的西門、南門戰鬥較為激烈，相持不下，北門、東門在一個時辰內就相繼丟失，遼陽城內兵變、民變四起，反正士兵反穿衣甲，倒戈攻打孫琛、孫宇。

首先是孫宇支持不住，只能丟棄南門防守，帶領殘兵與孫琛合兵。孫宇向孫琛報告城內混亂、士卒相互攻殺，漢軍已經攻破北門、東門，遼陽已經無法守住。孫琛慨然道：「既然大勢已去，我父子只能死戰。」孫宇勸阻道：「遼陽雖然危險，父親卻莫要輕生，我看北門漢軍乃是張為國這烏合之眾，其軍戰力最弱，父親只要帶領親兵突擊，定能突圍成功，然後我等前往胡地，再圖恢復。」孫琛笑道：「我兒清醒，為父聽你之計。」

孫琛便和孫宇領著數百人直奔北門，一路凡有阻攔，不分部眾漢軍百姓，全部砍瓜切菜般強行突圍，從西門到北門之間屍橫遍野，血流成河。由於遼陽叛軍、入城漢軍、倒戈兵馬都混戰在一起，平民也就遭了殃，諸多士兵趁亂劫掠，殺人縱火。不僅導致遼陽死傷慘重，還讓孫琛、孫宇順利突出北門。由於孫琛父子是直接逃亡，根本沒有顧上家眷，倒戈士兵便將怒火灑向孫氏家眷，一股腦的湧向將府，整個孫琛、孫宇家眷、僕從一共二百六十七人全部屠滅，財物盡皆掠奪。

直到下午石城進駐遼陽，節製全部兵馬，這才安撫百姓，恢復治安。聽說孫琛父子從北門逃走，石城讓趙歇、費濤率騎兵兩千人追擊。

孫琛一路狂奔六十裡，這才清點身邊士卒，僅僅四百六十人。孫琛哀嘆一聲，下令繼續北上。又行數裡，途經隸屬遼陽的盪山村，本來只是一個普通的小村莊。孫宇對孫琛道：「如今遠去胡地，我軍匆忙，不曾帶上糧草，只有劫掠一番充實糧草，方能遠行。」孫琛點頭吩咐道：「各軍入村，自行劫掠，自備三天糧食。」

可惜這一命令加劇了孫琛的敗亡。漢軍之前告誡遼陽城時，所說的遼陽已經是孤城，並不時虛言。從遼陽被圍，明眼人都知道孫琛敗局已定，許多漢軍還未進攻的地方，都派人送來糧草、丁壯以示歸順。包括遼陽管轄的六座村寨以及三座堡壘，石城為避免孫琛敗走時負隅頑抗，早就安置好部分兵馬進駐附近的村寨城堡，盪山便是如此。，

孫琛率先衝進村子，可村子內不僅有青壯民眾數千，還有三百兵士協防。在孫琛逼近時，已經做好主動出擊遲滯孫琛的想法，現在孫琛主動進入村子，正好求之不得。於是漢軍與民眾一起分割阻擊孫琛，還設置陷進活捉了不少叛軍，雖然大部分青壯幾乎不能交戰，好在有三百漢兵穩住陣腳，沒有潰散。

盪山還是依靠人數優勢將孫琛殘兵退路截斷。孫琛指揮兵馬反覆衝殺，可惜效果並不明顯，包圍圈反而越來越狹窄。由於叛軍早已沒有人心，不僅是村中青壯，甚至老人婦孺都參與防備，隨著漢軍及民眾越來越多，就把孫琛圍困在盪山內的一座小山包之上。此山還是有許多樹木可以作為屏障，孫琛將兵馬圍城一圈，凡是漢兵攻山，就放箭射擊。圍山的漢兵不想耗費兵力，於是加強包圍人手圍而不攻，一面派人速速聯繫漢軍主力。

孫琛望著山下密密麻麻的人群，知道自己已經插翅難逃，激動地拔刀砍石，自己之前以為只要自己乘虛搶掠，村中平民會自行逃命，那時乘亂搶一些糧食錢財，沒想到如今都擰成一股繩和漢軍一起圍攻自己，自己也陷入死地。孫宇也無計可施，任由父親發泄，全軍上下戰意全無。

由盪山派出的聯絡人員出行不到數裡，就碰上趙歇、費濤率領的騎兵部隊，趙歇又派遣數騎回遼陽稟報消息，自己和費濤一起前往盪山。

趙歇所部不一會便抵達盪山。

孫琛站在山包上，聽得大量馬匹嘶鳴的聲音，望著一篇黑壓壓的騎兵部隊，知道徹底無望，自嘲著說了一句：「又給大將軍送上一功。」說完，面向晚霞，拔劍自刎，血流如注，倒地氣絕，年四十七。孫宇哭喊著「父帥！」帶領周圍士卒向漢兵發起衝鋒，只是敗局已定，勞而無功，趙歇可不想再有兵卒傷亡，命令士兵亂箭射殺。孫宇沖在最前，身中四箭，倒在陣前，年二十四。主將已死，再行搏命已經沒有意義，剩餘叛軍放下武器，紛紛投降，趙歇清點俘虜，共計二百二十四人。

孫琛之亂，歷時五個月，於五月二十日夜被消滅。