若奧回到裡斯本已經是九月初，他拜訪了熱羅尼姆斯教堂的大主教，這勾起了他對哈維爾神父和科斯塔神父的思念，他決定再次前往日本，看望他的朋友。

若奧在裡斯本停留了一個月，準備繼續他的航行。他在離開家前往碼頭之前，何塞派人為他送來口信，告知國王要接見他，若奧只能暫時停止了他的計劃，前往王宮覲見國王。

若昂三世對大西洋上越來越多的海盜感到不安，他給若奧下達了命令，讓他參與皇家海軍打擊裡斯本與亞速爾群島之間海盜的行動。若奧對能為國家效力感到十分高興，他和皇家海軍一起在裡斯本和亞速爾群島警戒海面，護衛葡萄牙的商船隊。

在和皇家海軍的行動中，若奧結識了年輕貴族艾斯塔西奧·德·薩，這位還不滿四十歲的中年軍官雷厲風行和勇猛果敢的作風給若奧留下了深刻的印象，在完成了國王交給的任務後若奧在一五五二年初返回了裡斯本。

向皇家海軍辭行後，若奧決定前往日本，他率領船隊從裡斯本出發，沿著非洲西海岸一直向南，繞過好望角，向北到達蒙巴薩。在橫渡印度洋之後在卡利卡特停靠補給，穿過馬六甲海峽向北，經歷了長達一年的航行，若奧終於再度登上了鹿兒島這片土地。

若奧在登上鹿兒島之後，直接向著彌次郎的家奔去，若奧到達彌次郎的門前，敲打房門，開門的正是彌次郎本人，若奧從彌次郎的臉上看到了悲傷。

彌次郎看到若奧，發出一聲驚呼，「萊昂先生，竟然是您。」

「是的，彌次郎，我來探望哈維爾神父。」若奧說。

彌次郎搖了搖頭，兩行淚水從臉上流了下來，「萊昂先生，哈維爾神父上個月在上川島病逝了。」

若奧頓時一怔，他沒有料到哈維爾神父已經病逝了，他的大腦裡一片空白，哈維爾神父慈祥的表情一下子湧入他的腦海。

「彌次郎，您能不能帶我前往那裏。」若奧說。

「好吧，萊昂先生。」彌次郎點了點頭。

若奧的船隊向著南邊航行，幾天后到達了上川島，這裏是大明國的領地，所以若奧在下船後特別讓鄭安同行。

來到島上後，他們找到了一個洗禮名叫做安東尼的大明國青年，這個青年帶著他們前往安葬哈維爾神父的墓地。若奧看到哈維爾神父低矮的墓碑，眼淚止不住地落了下來。從哈維爾神父的墓地回來，他拜訪了「聖十字架」號的船長，這位船長告訴若奧，一個月後他們將把哈維爾神父的遺體連同棺槨移至果阿安葬。

若奧決定和「聖十字架」號同時返航，彌次郎則獨自返回日本。三月末若奧的船隊和「聖十字架」號到達了馬六甲，此時的馬六甲正流行著嚴重的瘟疫。令若奧吃驚的是，從哈維爾神父的遺體回到馬六甲開始，大批群眾手執蠟燭，在碼頭和街道上列隊恭迎。信徒們先把靈柩停放在近岸的教堂中，便於人們前來瞻仰。第二天當信徒們重新啟棺，卻驚訝地發現哈維爾神父的遺體容顏如生，異香四溢，猶如熟睡一般。從這天開始，奇跡似乎在這座港口城市裏不斷發生，蒙天主特賜奇恩，哈維爾神父遺體的到來，竟立即平息了正在馬六甲全城流行的瘟疫。