光和七年九月，徐州刺史巴衹及從事趙昱討平琅玡、東海、彭城、下邳、廣陵五郡黃巾。破虜校尉鄒靖破廣陽黃巾。徐、幽二州乃定。

十月，皇甫嵩久攻廣宗不克，於是退而結營。待黃巾麻痹，突然夜襲廣宗，斬人公將軍張梁，獲級三萬。待官軍入城，方知天公將軍張角已於八月病逝。於是，皇甫嵩命人剖棺戮屍，又將張角首級傳送京師。

此後，皇甫嵩又會同钜鹿太守郭典，馬不停蹄，直奔下曲陽。至十一月，斬地公將軍張寶，獲級十萬。皇甫嵩於是命人於城南築京觀，一時間下曲陽浮屍遍地，血流成河。至此，冀州昇平。

冀州乃定，信都縣令閻忠進言皇甫嵩曰：將軍威震天下，風馳四海。然昏主之下，難以久居，如不早圖，恐後悔無及。皇甫嵩懼曰：夙夜在公，心不忘忠。非常之謀，反常之論，所不敢聞。閻忠見皇甫嵩不聽勸諫，棄官逃亡。

待張角首級及冀州平定的消息先後傳至京師，天子劉宏興奮不已，一道中旨拜皇甫嵩為左車騎將軍，領冀州牧，晉封槐裡侯，食槐裡、美陽兩縣共八千戶。

再說荊州宛城，朱儁調虎離山，以徐璆、秦頡佯攻城南。自己則暗渡陳倉，親率五千精兵從城北以土坡突入城中。黃巾不敵隻得退守內城。

渠帥韓忠惶懼官軍威勢，遣人乞降。副將張超及徐璆、秦頡皆欲聽之。誰知朱儁卻拒不受降，道：兵有形同而勢異者。昔秦、項之際，民無定主，故賞附以勸來耳。今海內一統，唯黃巾造寇，納降無以勸善，討之足以懲惡。今若受之，更開逆意，賊利則進戰，鈍則乞降，縱敵長寇，非良計也。於是下令急攻，然連戰不克。

一日朱儁登高遠眺，突然計上心頭，令城北解圍。圍三闕一之下那韓忠果然中計，引軍突圍。朱儁趁勢追擊，大破其軍，斬首萬餘，韓忠亦為秦頡所殺。

韓忠既死，宛城黃巾又推孫夏為帥，仍據守宛城。於是朱儁以孫堅為先登復攻宛城。那孫堅英勇善戰，身先士卒，猶如天神下凡，所向披靡，加之從者前赴後繼，黃巾大敗。孫夏棄城而走，至西鄂精山，為追兵斬殺，又獲級萬餘，余賊潰逃。那孫堅又領著朱治、程普一路追擊至鄧縣，雙方一場大戰，全殲黃巾餘孽，荊州乃定。

荊州黃巾的覆滅，意味著這場歷時不到一年，卻席捲全國七州，聲勢浩大的叛亂終以落敗收場。

十二月，天子大赦天下，改元中平。詔減太官珍饈，禦食一肉；廄馬非郊祭之用，悉出給軍。並封賞黃巾之亂中先策及有功之臣。

拜朱儁為右車騎將軍，封錢塘侯，食邑五千戶，加位特進。（特進為加官，無實職，朝會時位列三公之下）

前任太尉楊賜因先策有功，拜尚書令。楊賜拒不受官。於是又封其為臨晉侯，以特進回府。

封孫堅為別部司馬。

護軍司馬傅燮居功至偉，卻因與中常侍趙忠有隙，受其構陷。劉宏雖知傅燮為人，不加其罪，卻也僅封了個安定都尉。

至於其他州、郡平亂有功者具有金銀賞賜或記軍功薄。

而此前下獄的盧植因逢大赦，又得皇甫嵩上書陳情，官復尚書原職。董卓亦為朝廷所赦。

有人加官晉爵，自然有人激流勇退。徐州從事趙昱因不滿朝廷將首功論於刺史巴祇，憤而辭官。

至於豫州刺史王允，先前謀誅十常侍不成。張讓於是懷恨在心構陷其下獄。後雖逢大赦，旬日後又被張讓尋了由頭再度下獄。最終，得臨晉侯楊賜、大將軍何進、司徒袁隗聯名上疏陳情，這才免了死罪，隱居鄉裡。

可正當朝堂之上意興盎然，四海之內昇平人瑞之時。此前未受黃巾波及的涼州卻又生出事端來。

說起來，那涼州原本只是來自北地、安定及來自金城、隴西的兩支羌人聚眾作亂。消息傳到朝廷，朝廷卻未及重視。一來，涼州歷來胡漢雜居，其中羌人又時常叛亂，朝廷早就習以為常。二來，天下方定，國庫空虛，朝廷也無暇西顧。於是詔令州郡自行平亂。然而小洞不補大洞吃苦，任誰也不會想到，此後十數年間，東漢朝廷將完全丟失對於涼州的掌控。

令居縣外，一支漢軍旗幟的軍隊正在此處駐紮，領軍的乃是護羌校尉冷征。數日前，他得了朝廷詔令，命他領本部兵馬及湟中義從討伐四郡叛羌。今日早些時候，他匯了湟中義從，便行軍往金城方向。待到令居，已近入夜，於是下令安營紮寨。此時，他正在中軍大營中研看地圖。忽聞帳外傳來一陣騷亂，於是問道：「帳外何事喧嘩？」

恰有守營衛士入帳彙報，道：「稟校尉，軍中有人鬥毆。」

「走，去瞧瞧！」冷征二話不說，提起馬鞭，便走出營帳，卻看到一群士兵正扭打在一起。冷征當即怒道：「都給某住手！」

誰想，那群士兵早就殺紅了眼，那裏還聽得進他說話。冷征於是對左右喊道：「來人，給我拿下。」便有兩隊士兵披甲執戟魚貫而來，隻片刻，便平息了騷亂。冷征這才看清眼前涇渭分明的兩夥人，一夥是自己麾下官軍，而一夥便是湟中義從中的胡人。

冷征本中原人士，對這涼州苦寒向來頗有微詞，又為人倨傲，瞧不上取木為兵的羌胡。此時自然不會刨根問底，隻冷冷道：「軍營之中，聚眾鬥毆，爾等眼中，可有本校尉？來人，將這群胡人拖下去，軍法伺候。」

卻聽到羌人中一人喊道：「將軍，我等不服，是他們先動的手，何故隻罰我等！」

那冷征冷笑一聲，上前幾步，便賞了那人一頓馬鞭，一邊道：「何故？爾等區區胡狗，也敢問我何故？」說罷，他手中又加重力道。卻聞身後傳來一句「住手。」

冷征回頭一看，卻見幾人匆匆而來，為首一人，正是湟中義從軍侯北宮伯玉。那北宮伯玉雖為漢人，然北宮家世居金城，又親善羌胡，於羌人中威望甚高。但在冷征眼中卻是與那般胡狗無異。於是道：「軍侯意欲何為？」

北宮伯玉本也不怎待見冷征，奈何自己這湟中義從軍侯之職卻是受其節製，此時人在屋簷下，卻是不得不低頭，於是恭順道：「稟校尉，此間之事，吾已有耳聞，乃因肉食之事，起了爭執，這才動手腳來。本非什麼大事，何必大動乾戈，不如大事化小，以免影響士氣。」

官軍每頓皆有肉食，胡兵隻得粟米，這正是他冷征安排，他自然心中有數。只見他輕蔑的瞥了北宮伯玉一眼，不屑道：「笑話，區區胡狗也配與我漢家兒郎相提並論，在某看來，便是粟米，也是浪費了。」

便是泥菩薩也有三分火氣，莫說北宮伯玉自小生長西北苦寒。見冷征這般神情，言語之中又多有侮辱，他當下也是怒急，正色道：「在吾看來，此間只有大漢雄師，卻無漢胡之分。大人出言輕慢，厚此薄彼，是非不分。難道這便是中原文教，官軍氣度？」

冷征見他出言相譏，卻是使出慣用伎倆道：「輕慢？便讓你曉得何為輕慢，軍司馬何在？」

那軍司馬卻不知何時來的，從旁邊出列道：「屬下在。」

冷征道：「軍營之中，衝撞主將，依軍法該當如何？」

軍司馬素知北宮伯玉名聲，此時顯得左右為難，道「稟校尉，依軍法該，該......」

冷征見其說話吞吐，顯出些許怒意，堅定追問：「說！該當如何？」

那軍司馬朝北宮伯玉瞧了一眼，露出歉意神色，回道：「依軍法，衝撞主帥，鞭三十，以儆效尤。」

冷征聽罷，卻對左右道：「將北宮伯玉及一眾胡狗拖下去，鞭六十。」

鞭六十非同兒戲，便是不死，也得重傷，北宮伯玉此時雖已被兩名士兵按住肩頭，卻掙扎喊道：「冷征，你濫用私刑，某定不輕饒你。」

眼看北宮伯玉被越拖越遠，同為湟中義從軍侯的李文侯開口道：「校尉，臨陣施罰，恐損士氣，不如...」他話未說完，卻被冷征打斷道：「汝欲連坐否？」

光和七年十一月，護羌校尉冷征輕慢兵士，濫用私刑，致湟中義從兵變。叛軍斬冷征於令居，又匯合四郡叛羌，一路攻城略地，短短數周便攻佔金城郡治允吾。金城太守陳懿出面安撫，卻為叛軍所害。

叛軍又脅迫新安縣令邊允、涼州從事韓約入夥，並舉邊允為帥。後因朝廷通緝，邊、韓二人分別改名邊章、韓遂。

十二月，邊章率叛軍進擊漢陽，圍涼州刺史左昌於冀縣。幸得漢陽太守蓋勛來援，又因那邊章、韓遂素敬蓋勛為人，哭泣而去，這才解了冀縣之圍。

然而，涼州，已亂。