第二次鴉片戰爭戰敗的屈辱使中國普通民眾與西方教會之間的矛盾更加激化，以致全國各地釀成數起大規模的"教案"。貴州的一個法國傳教士以及八個中國教徒被殺。廣西桂平的非教徒與教徒發生衝突，中國人將教堂燒毀。重慶因傳教士強佔土地修建教堂，結果全市商人罷市，學生罷考，美、英、法教堂洋房被燒毀。山西的一個傳教士不允許當地教民出資參加演戲酬神活動，破壞了當地的傳統習俗，結果導致大規模的衝突，山西巡撫給皇上的奏摺中說："奉教者依持教眾，欺負良民。而不奉教者亦輕視教民，不肯相下。"揚州的一家外國傳教士辦的育嬰堂發生大批中國嬰兒死亡的事件，導致萬名中國百姓圍攻教堂，他們對傳教士的痛恨幾近不共戴天。發生於1870年的"天津教案"引發的後果最為嚴重。起因是天津發生一起誘拐兒童事件，牽扯到法國教堂。當地傳說外國傳教士殘害中國兒童，把中國嬰兒"剜眼掏心"，製成藥材，甚至傳說教堂裡有整整一罈子兒童的眼睛。在雙方各執一詞的爭辯中，外國人開槍打傷了中國群眾，結果大批中國人擁入教堂，殺死20多名外國人，燒毀多處洋人住所。其實，關於傳教士用中國嬰兒製造藥材的說法純屬流言，而一些中國的地痞流氓入了洋教後恃洋人為後台為非作歹傷害平民的事實是真。"天津教案"的結局依舊是帝國官方的妥協：15名中國人被處以死刑，21人充軍，天津知府、知縣等官員被發配黑龍江，帝國政府賠償外國人白銀46萬兩。從此，關於外國傳教士的魔鬼行徑在中國越傳越廣。為此，曾國藩曾在給朝廷上一份奏摺專門"闢謠"：臣等伏查此案起釁之由，因奸民迷拐人口，牽涉教堂，並有挖眼剖心，作為藥材等語，遂致積疑生忿，激成大變。……惟此等謠傳，不特天津有之，即昔年之湖南、江西，近年之揚州、天門，及本省之大名、廣平，皆有檄文揭貼，或稱教堂拐騙丁口，或稱教堂挖眼剖心，或稱教堂誘汙婦女。厥後各處案雖議結，總未將檄文揭貼虛實辨明白。此次應查挖眼剖心，竟無確據，外間紛紛言有眼盈壇，亦無其事。蓋殺孩壞屍，采生配藥，野番兇惡之族尚不肯為，英、法各國豈肯為此殘忍之行？以理決之，必無其事。平步青：《霞外捃屑》卷二《曾文正公奏天津教案答□□□書》。上海古籍出版社1980年版，上冊第152～154頁。帝國重臣的一紙奏摺抵擋不住中國眾多張嘴傳來傳去。"天津教案"之後，各地教案不但頻發，而且往往造成大規模的流血，中國人稱之為"鬧教"。僅摘當時《申報》數條新聞題目便可見"鬧教"形勢之一斑：《鬧教之案次第而興，如蕪湖，如安慶，如金陵》、《今年教堂滋鬧之事層見迭出》、《鬧教一案，蔓延長江一帶，更延及內地》、《房屋財產悉付劫灰，更有傷斃人命之事，歷來有鬧教之案，從無此烈》。一張匿名的"告示"出現在江西各地，名為《撲滅異端邪教公啟》，令外國傳教士和中國教民無不心驚膽戰：江西闔省士民耆庶，為公立議約事：照得外夷和議，願為通商牟利，我天朝皇帝，念其奔走跋涉，曲允其請，以示懷柔遠人之意。乃有奸民羅安當、方安之（註：前者為法國傳教士，後者為中國教民。）倡行邪教，煽惑愚民，甚至採生折割，姦淫婦女，錮蔽幼童，行蹤詭秘，殊感痛憾。本年二月，經闔省義民，齊心拆毀天主教堂，泄我公憤。正欲誅殛羅、方兩賊，惜彼先期逃遁。近聞他赴京控訴，慫恿他國領事官來文，膽敢問我撫台大人，要賠還銀七萬兩……為此遍告同人，共伸義憤。倘該國教士膽敢來江蠱惑，我等居民，數十百萬，振臂一呼，同聲響應，鋤頭扁擔盡做利兵，白叟黃童悉成勁旅。務將該邪教斬除凈盡，不留遺孽，殺死一個，償爾一命。殺死十個，償爾十命。其有中國人投習彼教者，經各鄉族長查出，不必稟官，共同處死，以為不敬祖宗甘心從逆者戒。《籌辦夷務始末》（同治朝），第34～35頁。如此同仇敵愾的文字所描繪的連同老人孩子在內的帝國農民們高舉著各種農具漫山遍野殺來的景象，預示著外國傳教士和中國教民們距離滅頂之災已經為期不遠了。