自政變以，司徒王允一直留尚書台視事。

根據呂布線的推進進度，斷地更換三輔地區的各級官員。短短一月之間，三輔的官員更迭多達二百餘，而其所用所，多自於原司徒府。王允日以繼夜地安排些政務，也終於以說，對三輔地區的掌握，恐怕董卓也能比擬的。

等到月末，司徒終於收到想的消息：呂布成功攻佔郿塢，並將董氏族盡數族滅。使得長舒一口氣，馬日磾、士孫瑞等也對司徒恭賀：「攻破郿塢，董氏滅亡，總算還一朗朗乾坤了。」

但料王允絲毫見歡喜，表面嚴聲厲色，竟說：「董氏執政三年，為禍的豈止些而已？身為國家重臣，正除惡務盡！請諸公千萬莫懈怠！」

王允番話自的理。呂布已書信向說明，攻破塢堡後董氏還三失蹤，三年齡，難以成事，也足為慮。重的還河東的牛輔軍團，牛輔身為董卓僅存的女婿，剩的涼然的首領，一日除牛輔，涼便能擁立牛輔為主，繼而造反覆仇，朝廷也便一日能安寧。

隻當如何除，卻一問題。司徒與百官商量此事，的本意原本想讓公卿與聯名表子，宣佈牛輔為叛逆，而後商議計策，如何派兵征討。孰料朝會還未說意見，諸如趙謙等的部分朝官都說：牛輔朝野裡對等還算善，如先招撫一番，若其識得體，又何苦妄動乾戈呢？

眾議論之，很快連使者的選都商議好了，等詢問王允的意見，看見的卻一副極為冷漠的臉色，才讓反應：朝會開始後，司徒還沒表明態度。

顯然王允同意與招撫一事，但看見眾意難違，就說：「此事關係重，先讓好好思量一番。」言之意此事暫且推後。讓參會的朝官所失望，但轉頭想：好惡乃之常情，司徒既然敢冒生命危險，為國剷除禍患，見心懷社稷，終究還會以局為重的。

但料想到的，王允一回家，便又招自己的親族與親信，與商議說：「董卓經略朝堂三載，威行，滿朝公卿皆受董卓恩惠，心真正懷的，謂寥寥無幾了。

如今董卓雖死，朝餘黨卻如竹根盤踞，如今雖假作投誠，終究心念董氏，今日便想招撫牛輔，明日又意欲何為呢？一旦牛輔率兵，必將繼續為禍！如今朝廷已三輔，又郿塢錢糧手，已懼外敵，當務之急還消除內患啊！」

一旦司徒除更多政敵，提拔的還能誰呢？故而的幕僚對此都深為贊同，隻其子王景質疑：「，如今非常之，敵未除，還當以安撫為先啊。正如所說，董卓黨羽眾多，越如此，就越容易激起內亂，到那又用什麼抵禦涼呢？還請三思啊！」

但王允手撚鬍髯，果斷地答說：「連董卓都能誅殺，的那些黨羽，才能能及董卓十一，又能何作為？子多慮了。」

於定了先剷除董卓黨羽的方針，王允以為，董卓能夠駕馭群臣，正由於畏威而懷德，自己正當暴起立威，令敢再做二想。但從何開始著手呢？確實讓王允頭疼了幾日，但很快，給送一極好的理由。

六月初二，皇甫堅壽向朝廷書，自陳車騎將軍皇甫嵩非病重，而兩月為董卓賜死，逼令得發喪，如今董卓既除，向朝廷請求為父親發喪，並希望朝廷能夠贈予父親一謚號。

件事整長安城都心知肚明，並且都因此惋惜已，甚至以說整長安政變能夠成功，也都因皇甫嵩被董卓賜死，而王允說服呂布兵變的緣由，也正「皇甫嵩」三字。現皇甫堅壽挑明此事，也希望接股潮流，能夠給父親留一好的身後名。

百官都覺得理所應當之事。畢竟皇甫嵩雖短暫為董卓所用，但任職期間，盡職盡責，董卓每每與產生齟齬，都持正相勸，少士因此才得以保存。且又重創黃巾與西涼叛軍的軍功，雖自愛甚之嫌疑，但對朝廷，也算仁至義盡了。因此，京官朝會討論，覺得追贈一如景、昭的美謚也為。

但司徒卻同意，坐子身側的席位，淡淡說：「景、昭未免矣，應當再議。」

朝會之，士孫瑞、張喜等事先都沒與王允商議此事，此聽聞王允如此言論，心都想，莫非司徒想給平謚？於先問說：「知司徒欲以何為謚？」

「如繆字妥當。」

谷話頓掀起軒然波。名與實爽曰繆，意指言名美而實傷也。眾本以為王允最多取一平謚，卻料竟直接選取了一惡謚。讓許多朝官都難以接受，如司空淳於嘉就激烈反對說：「車騎雖，但功於朝廷，如何能於死後誹謗？等能夠延續至今，誅滅董賊，難就沒車騎的遺澤嗎？司徒矣！」..

王允竟露冷嘲的顏色，當眾批評：「若當真皇甫義真的遺澤，哪裏還敢起兵誅殺董賊呢？爾等知，為除董卓夙興夜寐，皇甫義真壞了多少事！」

於司徒將自己三年，與皇甫嵩的往一一陳述，說到皇甫嵩數次拒絕，言辭激烈，顯然對此耿耿於懷。而後更將自己陷害皇甫嵩與誅殺董卓的計劃細節公之於眾。

說完，朝會眾臣鴉雀無聲。

沉默了好一會郎將蔡邕走殿，哀聲：「君子為處事，當光明正，而百官身居高位，更當做之楷模。司徒於非常之行非常之事，除暴戾，興忠孝，之無欽佩，都因為司徒心懷社稷。但如今業方興未艾，正給顯示品德的候，司徒如何能以申白之術亂心呢？還請司徒慎言啊！」

本欲再說多些，說臣之間如此傷構陷，影響軍心士氣。涼原本頗受皇甫嵩之死影響，都以為董卓昏庸濫殺，故而士氣隨之低落；如今司徒自己將些公之於眾，便會認定朝堂黑暗，士欺辱師，繼而同仇敵愾，導致義之名反叛逆手。

直視王允那熊熊烈火般的眼神，終究將些話咽了。

但些話蔡邕說，王允也能明白想說什麼，拍著桌案，冷然：「蔡公如此言語，說董卓與皇甫嵩罪當誅嗎？」

蔡邕還欲分辯，王允一聲斷喝：「夠了！」朝百官都一抖，眾驚愕間，急聲罵：「董卓猖狂，就樣的多！每日入幕府，見爾等藉著董卓的威風登高位，屍位素餐，思報國，反而助紂為虐。竟到現還悔改，爾等莫非以為，吾之刀劍如董卓之快？」

說罷，當即呼喚宮侍衛，令將蔡邕關入詔獄。一切發生得快，剩那些本還想勸諫一番的臣，如今也敢言語，就轉而注視著蔡邕。蔡邕年歲已，髮髻已半白，身體也較為虛弱，如今戴鐐銬，才走幾十步，整便顯得疲累堪，以至於跟隨侍衛走殿階，還需侍衛攙扶，眾心頓生一種悲愴之情，少都低頭忍再看。

趁此機會，王允又稟告子，令追責，將那些進入董卓幕府，而又沒參與反董事宜的朝臣，一併革職問罪。而後又多拔擢被董卓罷黜的原袁氏掾吏，以表明自己對董卓舊黨絕姑息的態度。

當夜，尉馬日磾往司徒府，對王允勸說：「非聖賢，孰能無呢？司徒樣苛求同僚，只會讓自危，心淪喪，又何苦呢？即便如此，也能朝直接逮捕蔡公啊！蔡公文壇領袖，士仰慕，怎能如此處理？又陳庭堅為親，司徒如此處理，想與並州結仇嗎」

王允聽得耐煩，看馬日磾也算與長久共患難的情面，隻微作斥責：「翁叔怎麼也說種話？蔡伯喈若非文壇領袖，還真會如此處置，文壇領袖，楷模，竟心懷董賊之舊恩，當如何看待等？刑亂國用重典，必殺其以正！君勿復多言！」

到次日，又量士表求情，希望王允能夠暫緩對昨日朝臣的處置，最少也從輕發落。而蔡邕自己也表歉，希望暫受黥首刖足之刑，以續漢史，修史功成之後，再受死刑遲。其又鍾繇書說：「蔡邕與陳沖親，司徒殺之，恐結仇於並州。」王允受此壓力，才略轉意，但對於其餘等，就說仁慈了。

即將書表全部駁回，也公開處刑，但蔡邕還定決心，繼續將相關等關押詔獄之內，獄斷絕飲食，又加以鼠蟲侵害。

董卓生常用詔獄關押犯，入獄之多達百計，但多還能獄生活數月，政變之後，生還者十之八九。

而王允治，未，除蔡邕外，還二十七名董卓幕僚入獄，皆死於獄。