禽流感的診斷主要依靠流行病學與臨床表現，確診有賴於病毒分離、病毒抗原與血清抗體檢測。流行病學史包括是否到過疫區，或與家禽有密切接觸，或與禽流感患者有密切接觸史。1周內出現流感樣臨床表現並出現持續高熱(>39℃)者應警惕禽流感。病毒分離、病毒抗原與血清抗體檢測是診斷禽流感的重要方法。患者甲型流感病毒和H5亞型特異性單克隆抗體直接免疫熒光法陽性，患者呼吸道標本(鼻咽或氣管吸出物)酶聯免疫法檢測陽性者，應列為疑似病例；患者呼吸道標本(咽拭子、鼻咽或氣管吸出物、痰或肺組織)分離出流感病毒A(H5N1)，或血清微量中和試驗檢測流感病毒A(H5N1)抗體陽性，或採用流感病毒A(H5N1)特異性血凝素基因反轉錄PCR檢測呼吸道標本陽性均可確診。