何起鳴，字應岐，號來山，四川內江人，進士，官至工部尚書，卒贈太子太保。任陝西盩厔縣知縣，以廉敏聞，作集賢書院，錄士之才者教之。調任工科給事中，給事中鄭欽彈劾工部尚書朱衡為貪功而虐待百姓，何起鳴受命前去勘察治河工程。朱衡巡行到決口，舊渠已成陸地，但盛應期所開新河故跡尚在，因地勢高，黃河決堤到昭陽湖不能再往東，於是議定計劃進行開鑿。

潘季馴則認為新河土淺泉湧，耗費將不計其數，留城以上故道初次淤塞可以恢復。從此二人便有了隔閡，何起鳴到了沛縣，回到京城，上奏說：「舊黃河之道難以恢復的原因有五，黃河完全改道必然減緩上游水勢，新集、龐家屯、趙家圈都在上遊。以無計其數的資財，投入到河流已經廢棄的故道，勢必不能這樣做，此其一；從留城到沛縣，廣闊之地已成巨大的湖澤，沒有地方施工，此其二；橫貫敷十裡，撩起衣裳都役道路可走，十萬之多的民工到什麼地方棲息，此其三；疏通則爛泥陷入，修築堤岸但又無土，並且南邊堵塞則又向北奔流，此其四；夏秋季節雨多水大，難以保證不淤塞，此其五。新河開通費用省，並且可以杜絕以後潰決的水患。應當採納朱衡的計策開通新河，同時採用潘季馴的計策，不全部拾棄舊黃河。」朝廷大臣議定，朱衡就決心開闢新河。

在京察過程中列入拾遺的名單中，京察拾遺指的是原來的考核有遺漏，讓專司監察的科道官再議，大凡工部尚書，必須要搞好和內宮太監的關係，因為工部主管工程建設，而宮內的建設項目是最多了，往往是工部官員和宮內管工程的太監一起勾結分肥。何起鳴和宦官張誠很好，張誠替何起鳴運作，給事中陳與郊在人授意下，上書將何起鳴和主持京察的辛自修放在一起評論，實際上是攻擊辛自修而替何起鳴開脫，辛自修被攻擊後託病辭官。禦史高維嵩、趙卿、張鳴岡、左之宜意氣不平，上疏彈劾何起鳴，何起鳴被迫致仕。正好萬曆帝聽信了張誠的話，相信何起鳴而懷疑辛自修，便責備高維嵩，說「朝廷每用一人，言官輒紛紛排擊，今何起鳴去，爾等舉堪此任者。」將高維嵩等人調出京外，一些官員又立刻上疏為高維嵩抱不平，遭到處罰。

何起鳴，在任職期間，先後主持過整治黃河故道、修建皇陵等工作，實地勘查沿河兩岸後，排他議，力主新河開鑿，而不棄阻塞之舊河的治河方案，施工時精細管理，勤儉節約，節省了一大筆修建資金。