採取官督商辦後，基隆煤礦恢復順利。***1887年，當年的生產能力就達到日產100噸，年產17000餘噸。此時，煤礦的運力明顯不足，製約了煤產量的進一步提高。於是，開始修建從礦井到基隆碼頭的鐵路，以使運力大大提高，促進生產進一步展。此時，官商矛盾已經出現，商人對進一步投資修鐵路態度消極，而劉銘傳這時看到生產順利，因此樂觀地認為鐵路工程已辦有「十分之九」，以後不需要再增加資本，便將商股退還，重新將煤礦收歸官辦。

以劉銘傳的思想之開明，曾長期力主商辦企業，但在「官督商辦」企業營利後還想將其收歸官辦，遑論他人。可見，要官員、政府真正將「官企」尤其是營利的「官企」「民營化」，確實難而又難。

不過，收歸官辦後，官辦企業的各種弊端立刻表現出來，又是月月虧損，與幾年前官辦時的形完全一樣。無的事實很快使劉銘傳清醒過來，他轉而再次尋求商辦，一是福州船政局仍大量需要基隆的煤炭，二是劉銘傳急於將官本收回。不過，有實力的華商畢竟不多，一些商人很可能對他之前輕易將頗有成效的商辦企業收回變成官辦的做法，還心有餘悸，所以募集商股的工作並不順利。此時，一位英國商人向劉銘傳提出，願以分期償還官本銀為條件，換取20年內台灣全部煤礦和石油的開採權。劉銘傳認為引進英資對中國有利，既可收回官本，還可得各種利稅。他在給朝廷的奏章中寫道：「若由該英商承辦，不特官本可以收回，即以二十年計之，可免漏卮百萬。關稅並車路運資，轉可得數十萬……」不過，此事被清廷否決。

官辦嚴重虧損，引進外資又被朝廷否決，煤礦還不能關閉，劉銘傳隻得在勉強維持中繼續作商辦打算。經過多方努力，終於有一些商人願意以官商合辦的形式承辦基隆煤礦，為期20年，商人出資20萬元，並繳還原礦本銀12萬兩；官府出資10萬元，而且是以「礦存房屋機器以十萬元作官本，其餘按月繳煤扣除」。但這些商人很清楚「官」的危害，所以在合同中提出，在用人、財務方面官方免予過問。其實，對於官辦企業或官督商辦企業，官員最感興趣的就是用人大權與財務大權，有此二權，便可任意安插親信，貪汙中飽。規定官方無此兩種權力，確實抓住了問題的要害。按照此辦法，政府既不必另撥款項，又能得到煤礦生產之利，完全符合劉的意圖，所以他認為此約對官方大大有利；同時，他更加深刻地認識到「官」對「商」的干涉有害無益，因此完全同意此約。所以，在1890年8月中旬將基隆煤礦移交商人辦理。他在給朝廷的奏摺中說明了合約的具體內容，彼此入股、分利的況，還如實寫道：「除礦務，一切事宜由商經營，官不過問。」

但是，朝中反對民營商辦的力量異常強大。任總理衙門事務大臣的慶郡王奕劻帶頭反對，總理衙門和戶部聯銜上奏反對此舉，他們列出了種種反對理由，特別針對劉銘傳奏摺中的「官不過問」一句聲色俱厲地質問：「此事既經官商合辦，自應官為主持，何以一切事宜悉授權於商人，官竟不能過問？」在官本位、官權大於一切的近代中國，提出「官不過問」確實敏感，使反對者引申出了「官竟不能過問」這種很能打動人的嚴厲責問。群洶洶之下，親政不久的光緒皇帝降旨對劉嚴斥：「劉銘傳著交部議處。該撫接奉此旨，即將現辦之局趕緊停止，不準遷延回護。」吏部「議處」的結果是劉銘傳「照違製律私罪革職」。或許是考慮到劉的功勞與影響，1890年10月上旬，上諭將此改為「革職留任」。但劉知道自己在官場已無前途無意義，再三以病請辭，終於在1891年6月獲準。

官辦企業民營化是晚清社會近代化轉型中最重要的方面，戰功赫赫、為大清王朝效盡犬馬之勞的劉銘傳卻因此丟官，付出了慘重代價，由此可見轉型之艱難。這固然是劉銘傳的不幸，其實更是清王朝的不幸。依然官辦的基隆煤礦的衰敗更加迅速，就在劉銘傳辭官後的第二年，1892年11月底，基隆煤礦便不得不完全停產。寧願維持企業官辦以致衰敗破產，也不願把企業交給民營使其興旺達，在這種基本思路的指導下，清政府如何能引導社會成功轉型呢？