尼古拉二世於坎帕尼亞進攻本篤十世的軍隊時受挫，暫時無法打開局面，而在他的後方，希爾德布蘭德所率領的德意志傭兵以及後面趕來的教會騎士們卻給他帶來了驚喜。

希爾德布蘭德運用計策，分化瓦解圖斯庫盧姆家族和羅馬貴族豪門，這些敵對者中並不是所有人都願意為了支持出身於圖斯庫盧姆家族的敵對教皇本篤十世而拋家舍業的，此時羅馬教廷在眾人的心中擁有者極高的分量，特別是希爾德布蘭德大教副，他的威望甚至超過了新教皇尼古拉二世，備受世俗貴族和教士們的尊敬。

在獲得了圖斯庫盧姆城堡中的貴族支持之後，希爾德布蘭德用裏應外合之計攻克了該城堡，俘虜了一乾與羅馬教廷敵對的貴族豪門。

隨後他有率軍左突右擊，先後攻克了蒂沃利、維泰博、奧爾維耶托等城，將盤踞在羅馬的貴族豪門幾乎橫掃一空，使得戰爭的形勢組建向羅馬教會方向傾斜。

待平定羅馬周邊的貴族豪門之後，希爾德布蘭德領兵南下與教皇尼古拉二世的軍隊匯合，當他們匯合的時候，這支軍隊的數量不但未曾減少，反而數量增加了近一倍，達到一萬兩千人之眾。

這些增加的士兵大多來自語反正的羅馬貴族豪門家族的士兵以及陸續領兵加入的教會騎士們。

此時，教皇尼古拉二世和希爾德布蘭德手頭上的軍隊已經是對面敵對教皇本篤十世的近兩倍，還有許許多多羅馬豪門家族投靠他們的麾下，盤踞在坎帕尼亞地區的本篤十世已經無以為繼了。

最終給予他們最後一擊的是從本篤十世後方出現的諾曼人大軍，原來坦克雷德在領命離去之後，不甘心辛苦來一趟羅馬之後隻拿這麼點功勞回去，於是他說服了卡普阿伯爵理查德.德.亨古，一同領兵從後方攻擊本篤十世。

尼古拉二世和希爾德布蘭德見前方出現了大批諾曼人大軍在進攻本篤十世的陣地，便立即意識到這是一個擊潰對方的大好時機，他們當即下令全境進攻本篤十世的本陣。

在諾曼人和教皇衛隊的兩相夾擊之下，本篤十世和支持他的羅馬豪門頓時奔潰，無數士兵狼奔北逐，貴族們和騎士們也不顧形象地策馬狂奔，試圖逃離這裏。

本篤十世本來也是想要和羅馬貴族騎士們一起逃走的，卻不料被一群試圖反正的士兵所擒獲，被迫向教皇尼古拉二世和希爾德布蘭德投降。

隨著本篤十世束手就擒，聚攏在他身邊的羅馬貴族豪門勢力也隨之土崩瓦解。

1059年秋，尼古拉二世率領大軍凱旋，此次他擒獲了敵對教皇本篤十世，並迫使他放棄了教皇的身份，將他囚禁於聖阿涅塞隱修院內，這使得尼古拉二世在羅馬教廷的威望大增，足以令他與克呂尼派的領袖希爾德布蘭德大教副分庭抗禮。

擁有了足夠的威望，但他的地位卻不穩固，僅僅依靠克呂尼派的支持是不夠的，於是他將目光投向了西西裡王國的諾曼人。

為了確保自己的地位，尼古拉二世立即召見了隨後趕來羅馬的西西裡國王凱撒.德.歐特維爾，接受了他的效忠，於西西裡的諾曼人建立了牢固的聯盟關係。

尼古拉二世和西西裡的諾曼人的聯盟對雙方都是有利的，尼古拉二世憑藉西西裡諾曼人的支持鞏固了他身為教皇的地位，使他手中的實力徹底凌駕於大教副希爾德布蘭德、紅衣大主教哈伯特、蒙特.卡西諾主教阿伯特.德.西德魯斯等人之上。

同樣的，作為交換，教皇尼古拉二世宣佈承認諾曼人對西西裡王國、阿普利亞、卡拉布裡亞、薩萊諾、西西裡等領地的合法所有權，使得諾曼人在當地的統治具有正當性和合法性。

於此同時，在倫巴第公國的帕威亞，發生了一起當地人和大主教、神職人員之間的衝突，尼古拉二世認為這是一個插手倫巴第公國事務、擴大羅馬教廷影響力的的一個絕佳時機，更能彰顯他權威，可謂是一句多得。

尼古拉二世聞訊後沒有任何猶豫地派出了樞機主教彼得.達米安和盧卡主教安塞爾莫，也即後來的亞歷山大二世，共同前往米蘭，以解決帕維亞人與大主教和神職人員之間的衝突。

此時的結果自然是以教皇取得新的勝利而告終，當事人米蘭大主教維多面臨著嚴峻的教會衝突，不得不提出將米蘭教會的權力，包括主教敘任權在內的諸多權力拱手讓給了羅馬。

隨後，尼古拉二世在拉特蘭宮中傳召了米蘭大主教維多和米蘭的主教們，並順勢建立起了一個理事會，該理事會旨在延續希爾德布蘭德的克呂尼派改革，加強對神職人員的紀律約束，極大的增強了羅馬教廷的權威。

該理事會的建立標誌著一個新時代的開始，也對未來新教皇選舉擁有極大的影響力，它在隨後的歲月中獲得了對教皇神聖選舉的監管權力。

以前，教皇選舉實際上是由羅馬貴族控制的，除非皇帝足夠強大，能夠從一段距離內進行乾預，將他的意志強加於人，而現在，通過建立了理事會，尼古拉二世將教皇的選舉權利歸於羅馬的樞機主教所組成的樞機團，並進行了一些列有關於教皇選舉程序等方面的改革。

尼古拉二世通過一系列舉措，鞏固和加強了他的權威，使得他的威望遠遠超過了這些年來的其他教皇們。

然而，此時尼古拉二世還面臨著一個極為嚴峻的問題，那就是如何處理好和諾曼國王威廉的之間的關係。

此前，因為前教皇斯德旺九世愚蠢的舉動，不但破壞了先前羅馬教廷與諾曼人只見的和平協定，更使得羅馬教廷的聲勢一落千丈，像威廉、費迪南一世、亨利四世這些強國君主已經根本不再畏懼於羅馬教廷的絕罰令。

故而目前當務之急還是要修復與威廉之間的關係，好在原本教皇尼古拉二世與威廉的關係較為親近，此前威廉一直都是他的支持者，而他法蘭西人的身份也讓他更容易獲得威廉和諾曼人的親近。